Une base commune pour la génétique, la botanique et l'anthropologie

Un projet de l'Agence nationale de la recherche étudie les liens entre données génétiques, culturelles et botaniques, pour la conservation de la biodiversité. Les jeux de données venaient de trois disciplines et n'avaient pas le même format.

Les données des trois disciplines arrivent dans une base commune. L'application Flask sert à la saisie sur le terrain.

Ce que j'ai fait

Pendant six mois au CNRS et au Muséum national d'Histoire naturelle (unité BBEES), j'ai conçu une base PostgreSQL qui harmonise les données anthropologiques, génétiques et botaniques du projet.

J'ai aussi développé une application Flask de collecte terrain. Trois équipes de recherche l'ont adoptée, et le temps de traitement des saisies a baissé de moitié.

Avec les équipes de génétique, d'anthropologie et de biologie végétale du Muséum, j'ai mis en place des pipelines d'analyse reproductibles en Python et en R. Ils servent aujourd'hui de base à des publications scientifiques. J'ai présenté les résultats à l'Institut Pertanian Bogor, partenaire du projet en Indonésie.